Hướng dẫn cài đặt BIKA LIMS Inkosi trên Ubuntu Server

Trong bài viết sau, Quản Trị Mạng sẽ giới thiệu với các bạn cách xây dựng giải pháp BIKA LIMS độc lập trên hệ thống Ubuntu server.

Trước tiên, cần tải và cài đặt Ubuntu Hardy Heron 8.04 từ Ubuntu repository  Tại đây chúng ta dùng LIMSERVER là tên của máy tính, giá trị USERNAME và PASSWORD bất cứ lúc nào cần thiết. Lựa chọn openssh và LAMP server tại những giá trị yêu cầu. Thêm vào đó, hãy chắc chắn rằng LIMSERVER có thể truy cập qua giao thức WWW. và không bị chặn bởi tường lửa hay bất cứ ứng dụng nào khác.

Khi cài đặt thành công Ubuntu, đăng nhập vào hệ thống và kiểm tra địa chỉ IP và các vấn đề khác có liên quan tới DHCP server tới LIMSERVER bằng lệnh sau:

ifconfig

Địa chỉ LIMSERVER local ip là giá trị số theo dãy địa chỉ đầu tiên của inet.

Ví dụ inet addr:192.168.2.8 có nghĩa địa chỉ local ip là 192.168.2.8 (không phải 127.0.0.1 vì đó là địa chỉ loopback).

Ghi nhớ lại những thiết lập này và tiếp tục làm việc với những máy tính khác trông cùng hệ thống. Tiến hành tải và cài đặt ứng dụng tty client trên hệ thống để giao tiếp với LIMS server. Trong bài viết này chúng ta sử dụng putty.

Tiếp theo, mở 1 ssh session (port 22) tới địa chỉ ip local của LIMSSERVER và đăng nhập. Khởi tạo những thư mục phù hợp và cài đặt các gói phần mềm yêu cầu:

DOWNLOAD_DIR=~/temp
BUILDS_DIR=~/builddirs

MY_PRODUCTS_DIR=~/products

Tạo thư mục Plone:

SOFTWARE_HOME=~/zope-2.9.9
# Plone software
PLONE_TARBALL_DIR=http://launchpad.net/plone/2.5/2.5.3/+download
PLONE_TARBALL=Plone-2.5.3-final.tar.gz
PLONE_VERSION=Plone-2.5.3-final
PLONE_WGET_ADDRESS=$PLONE_TARBALL_DIR/$PLONE_TARBALL
# What do you want your Zope instance to be called?
INSTANCE_HOME=$SOFTWARE_HOME/Plone

Tạo thư mục bika:

ROOT_LOGIN='admin'
ROOT_PASSWORD='PASSWORD'
BIKA_TARBALL_DIR=http://downloads.sourceforge.net/project/bika/bika/2.2.1
BIKA_TARBALL=bika-2_2_1_bundle.tar.gz
BIKA_VERSION=bika-2_2_1_bundle
BIKA_WGET_ADDRESS=$BIKA_TARBALL_DIR/$BIKA_TARBALL
REPORTLAB_TARBALL_DIR=http://www.reportlab.com/ftp/
REPORTLAB_TARBALL=ReportLab_2_4.tar.gz
REPORTLAB_VERSION=ReportLab_2_4
REPORTLAB_WGET_ADDRESS=$REPORTLAB_TARBALL_DIR/$REPORTLAB_TARBALL
BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR=http://bioinf.scri.ac.uk/lp/downloads/programs/genomediagram/
BIKAFONTS_ZIPFILE=linfonts.zip
BIKAFONTS_DIR=linfonts
BIKAFONTS_WGET_ADDRESS=$BIKAFONTS_ZIPFILE_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE

Cài đặt những trình biên dịch cần thiết:

sudo apt-get install gcc

sudo apt-get install g++

Tạo thư mục để download:

mkdir $BUILDS_DIR $DOWNLOAD_DIR $MY_PRODUCTS_DIR

Cài đặt python:

sudo apt-get install python2.4

sudo apt-get install python2.4-dev

sudo apt-get install python2.4-elementtree

“Cách ly” Zope khỏi Internet và cài đặt:

sudo wget $ZOPE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$ZOPE_TARBALL -C $BUILDS_DIR

cd $ZOPE_BUILDDIR

./configure --prefix=$SOFTWARE_HOME

Các bạn có thể xem cách sử dụng cú pháp ./ như trên tại đây.

Biên dịch Zope:

sudo apt-get install make

make

make install

Chuẩn bị cho zope:

$SOFTWARE_HOME/bin/mkzopeinstance.py -d $INSTANCE_HOME -u $ROOT_LOGIN:$ROOT_PASSWORD

Tải và cài đặt Plone:

sudo wget $PLONE_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$PLONE_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR

Tiếp theo, tạo biến plone độc lập:

for i in $MY_PRODUCTS_DIR/$PLONE_VERSION/*;  
do echo $i; 
 ln -s $i $INSTANCE_HOME/Products/;  
done

Đối với 1 số phiên bản plone không đầy đủ, chúng ta cần cài đặt thêm gói hỗ trợ plone:

sudo apt-get install plone-site

Tại thời điểm này, các trang Plone đã được cài đặt và hoạt động mà không cần tới zope.

Bước tiếp theo, tải, cài đặt BIKA LIMS và reportlab:

sudo wget $BIKA_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo tar -xzf $DOWNLOAD_DIR/$BIKA_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR

sudo wget $REPORTLAB_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo tar -xzvf $DOWNLOAD_DIR/$REPORTLAB_TARBALL -C $MY_PRODUCTS_DIR

Bạn nhớ chú ý phiên bản reportlab thích hợp với Hardy Heron và tương thích tốt với Ubuntu:

sudo apt-get install python-reportlab

Chuẩn bị thư mục để tải font BIKA và giải nén chúng vào nơi phù hợp:

sudo mkdir $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR

sudo wget $BIKAFONTS_WGET_ADDRESS -P $DOWNLOAD_DIR

sudo cp $DOWNLOAD_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE

sudo apt-get install unzip

cd $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR

sudo unzip -j $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR/$BIKAFONTS_ZIPFILE

Xác định thư mục cài đặt report lab:

REPORTLAB_INSTALL_LOCATION=`sudo find / -name reportlab -print | grep python2.4`

Tạo thư mục để chứa font của bika:

INSTALLED_FONTS_DIR=$REPORTLAB_INSTALL_LOCATION/fonts

sudo mkdir $INSTALLED_FONTS_DIR

sudo cp $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKAFONTS_DIR/* $INSTALLED_FONTS_DIR

Trỏ tới đường dẫn thư mục cài đặt font bika và copy chúng vào đây:

$INSTALLED_FONTS_DIR

Như trong ví dụ này:

usr/lib/python2.4/site-packages/reportlab/fonts

Bước tiếp theo là điều chỉnh file cấu hình của reportlab để chỉ đường dẫn tới bộ font bika:

sudo nano $REPORTLAB_INSTALL_LOCATION/rl_config.py

Cài đặt bika:

sudo cp $MY_PRODUCTS_DIR/$BIKA_VERSION/PloneProducts/* $INSTANCE_HOME/Products -r

sudo cp $INSTANCE_HOME/Products/bika/scripts/start-id-server $INSTANCE_HOME

Bây giờ, chúng ta cần chỉnh sửa file zope.conf để sử dụng id-server mà chúng ta khởi tạo trên cổng 8081.

Nhưng trước tiên, chúng ta phải tìm:

ZOPECONF_FILE=`sudo find / -name zope.conf -print`

Chỉnh sửa file này bằng ứng dụng nano hoặc các file chỉnh text bình thường:

sudo nano $ZOPECONF_FILE

Tiếp theo, bạn cần tìm 1 số biến “môi trường” chuyển đổi và chỉnh lại sao cho giống như sau:

<environment>
IDServerURL http://localhost:8081
</environment>

Lưu thay đổi này lại và thoát khỏi ứng dụng chỉnh sửa.

Cuối cùng, khởi động id-server và zope:

su USERNAME $INSTANCE_HOME/start-id-server

$INSTANCE_HOME/bin/zopectl start

Mở trình duyệt và gõ địa chỉ sau:

http://LIMSERVERlocalip:8080

Lưu ý rằng thông số LIMSERVERlocalip là địa chỉ khi bạn gõ lệnh ifconfig phía trên.

Địa chỉ này sẽ đưa bạn đến giao diện quản lý của Zope. Để bắt đầu, bạn cần đăng nhập với tài khoản admin và mật khẩu khởi tạo bên trên. Bạn phải tìm giá trị này trong file điều chỉnh mặc định của zope. Nếu không được, hãy quay lại trang ssh và tìm kiếm:

sudo find / -name *password*

Sau khi thành công, truy cập địa chỉ sau để bắt đầu sử dụng hệ thống BIKA:

http://LIMSERVERlocalip:8080/bika-site-name

Chúc các bạn thành công!

Thứ Sáu, 25/06/2010 08:40
11 👨 691
Video đang được xem nhiều