Qua sử dụng thực tế, chuột Magic Mouse có thời gian sử dụng pin ở khoảng 1 tháng, cách khá xa so với con số 4 tháng do Apple công bố. Ngoài việc hao pin hơn lý thuyết, mới đây chuột Magic còn được cho là nguyên dân gây mau hết pin ở bàn phím không dây Apple.
Nhiều người dùng đã có ý kiến phàn nàn rằng khi sử dụng chung với Magic Mouse, bàn phím Apple không dây của họ sẽ hết pin nhanh hơn trước kia, sau khoảng 2 đến 3 tuần, có trường hợp chỉ 1 tuần bàn phím của họ đã cạn pin.
Hiện chưa rõ nguyên nhân cụ thể gây nên hiện tượng trên, có nguồn tin phỏng đoán rằng do Magic mouse đã ngăn cản bàn phím không dây đi vào trạng thái ngủ khi không sử dụng (sleep), do đó bộ phận thu phát sóng bluetooth vẫn hoạt động gây nên tình trạng hao pin hơn bình thường.
Apple vẫn chưa lên tiếng về các ý kiến này, người dùng thì nói với nhau rằng nên tháo pin cả chuột và bàn phím không dây ra mỗi khi sử dụng xong.