Những tính năng nổi bật của S Pen có thể kể đến như Popup Note, Screen Recorder, Quick Command, Air View...Đáng chú ý nhất chính là Air View và Quick Command.
Cũng giống như Galaxy Note, Galaxy Note II đi kèm với chiếc S Pen thế hệ mới. S Pen thế hệ mới có thiết kế dài hơn và dày hơn so với S Pen đời đầu, chiếc bút cảm ứng này cho cảm giác cầm dễ dàng và thoải mái hơn hẳn so với S Pen được trang bị trên Galaxy Note.
Không chỉ làm mới về thiết kế nhằm gia tăng thuận tiện khi sử dụng mà S Pen của Note II còn được ưu ái tích hợp thêm một số tính năng mới như Popup Note, Screen Recorder, Quick Command, Air View... Đáng chú ý nhất trong số các tính năng mới của S Pen là Air View và Quick Command.
Đầu tiên là Air View, tính năng mới của S Pen trên Note II cho phép người dùng có thể xem nhanh nội dung trong một ứng dụng mà không cần phải mở ứng dụng đó lên. Chẳng hạn như khi bạn dùng S Pen rà từng số liên lạc trong danh bạ, bạn chỉ cần giơ chiếc bút này lên từng liên lạc để xem được số điện thoại, email, địa chỉ... Một trường hợp khác khi duyệt video, bạn cũng có thể sử dụng S Pen để xem trước nội dung của từng video trong một cửa sổ nhỏ được mở ra.
Trong khi đó thì chức năng Quick Command cũng tiện lợi không kém khi cho phép người dùng nhanh chóng khởi động những ứng dụng thường dùng với bút S Pen. Điều đáng tiếc là Quick Command chưa thể làm việc được với ứng dụng không phải của Samsung như Gmail của Google. Sắp tới đây, Samsung sẽ phát hành bộ SDK 2.2 dành cho các nhà phát triển để họ cải thiện thêm những tính năng tương thích có thể sử dụng với S Pen.
Một số tính năng khác của S Pen bao gồm Easy Clip có nhiệm vụ trợ giúp người dùng cắt một vùng không gian hoặc một vùng nội dung trên màn hình theo bất kỳ hình dạng nào để lưu lại, chia sẻ hoặc dán vào một tài liệu khác. Ngoài ra là ứng dụng Popup Note cho phép người dùng Note II có thể viết ghi chú ở bất kỳ đâu trên màn hình của điện thoại cùng với ứng dụng Screen Recorder giúp ghi lại toàn bộ thứ tự các thao tác của người dùng trên màn hình điện thoại thành một đoạn video.
Video giới thiệu những tính năng mới của S Pen.