Sau 10 ngày phát hành chính thức, người dùng đã có công cụ để Jailbreak iOS 6, để cài đặt thêm phần mềm không chịu kiểm duyệt từ Apple. Tuy nhiên, công cụ này chưa dùng được với iPhone 4S và iPhone 5.
iOS 6 đã có công cụ bẻ khóa "jailbreak" nhưng chỉ sử dụng được với iPhone 4 và iPhone 3GS.
Dù có thể Jailbreak được iPhone 4 và 3GS, cài đặt được Cydia và sử dụng các phần mềm lậu không chịu kiểm duyệt từ Apple, nhưng khi người dùng khởi động lại, hoặc bị hết pin, iPhone khi bật lên sẽ bị treo và dừng lại ở màn hình đầu tiên, buộc phải sử dụng lại công cụ bẻ khóa. Lý do vì công cụ bẻ khóa hiện tại mới dừng ở mức Jailbreak Tethered (bẻ khóa dính cáp) chứ chưa phải là hoàn toàn Jailbreak Untethered.
Xem video thực tế bẻ khóa iOS 6 trên iPhone 4:
Bên cạnh đó, công cụ bẻ khóa iOS 6 hiện tại mới khả thi trên các dòng máy iOS sử dụng loại chip cũ như A4 của iPhone 4, hay chip của iPhone 3GS. Trong khi với các loại chip mới như A5 trên iPad 2; iPhone 4S hay A5X trên iPad 2012 và đặc biệt A6 trên iPhone 5, công cụ bẻ khóa vẫn chưa có.
Tuy nhiên nhiều khả năng công cụ bẻ khóa hoàn toàn "Jailbreak Untethered" iOS 6 sẽ xuất hiện sớm khi hacker nổi tiếng chuyên về iPhone, Pod2G, chia sẻ trên mạng xã hội Twitter cho biết đã thành công trong việc hạ gục Apple và iOS. Trong khi đó, ngày 29/9 tại San Francisco (Mỹ), hội nghị WWJC (World Wide Jailbreak Conference) 2012 quy tụ các nhóm hacker về iOS và Mac OS sẽ diễn ra, và nhiều khả năng sau đó sẽ có các công cụ bẻ khóa iOS 6 hoàn toàn.